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全能核酸酶具有优异的水溶性，在纯水、生理盐水或中性缓冲液（如 PBS 缓冲液、Tris-HCl 缓冲液）中溶解度可达50~100mg/mL，溶解过程无需剧烈搅拌，室温下静置即可完全溶解。
该酶不溶于乙醇、丙酮、甲醇等有机溶剂，在有机溶剂浓度超过 30% 的体系中会发生构象变化，导致酶蛋白沉淀析出；同时，全能核酸酶在高盐浓度（如 NaCl 浓度＞1 mol/L）环境下，溶解度会显著下降，这一特性可用于盐析法纯化。